Top

فلاديمير باجيك

أستاذ في علوم الرياضيات والحساب التطبيقية
قسم العلوم والهندسة الحاسوبية والكهربائية والحسابية
عضوية مركز الأبحاث : 
مركز العلوم البيولوجية الحاسوبية


الانتماءات

المؤهل العلمي

  • ​​​دكتوراه في الهندسة الكهربائية من جامعة زغرب، يوغسلافيا، 1989
  • ماجستير علوم في الهندسة الكهربائية من جامعة بلغراد، يوغسلافيا، 1979
  • بكالوريوس علوم في الهندسة الكهربائية من جامعة بلغراد، يوغسلافيا، 1976

الاهتمامات البحثية

يعد البروفيسور باجيك مؤلفاً لنحو 260 ورقة علمية وأكثر من 10 كتب، وكذلك عدة أبواب في كتب وأكثر من 100 منتج برمجيات حاسب آلي وإكتشافات. ويكمن اهتمامه الأساسي في عملية تسهيل الاكتشافات البيولوجية من خلال استخدام نظم معلومات بيولوجية متطورة مقترنة بطرق نمذجة البيانات والمعطيات مع التركيز على اكتشاف الجزيئيات النشطة بيولوجيا للإستخدام في التطبيقات الطبية المحتملة. ولتحقيق هذا الهدف يستخدم البروفيسور باجيك جزئيا تقنيات شارك في تطويرها للتعرف على مجموعات الجينات المسببة لعدد من الأمراض واستجابة الخلايا مع تقنيات النمذجة الجديدة الخاصة بالتعرف على تسلسل الإشارات. وهذا يتطلب بدوره تطوير أدوات لتكامل البيانات عبر مختلف المصادر والتعرف الدقيق على البيانات ذات الأهمية البيولوجية المضمنة في المعطيات الحيوية الطبية وأدوات للتحليل واسع النطاق لتلك المعطيات. وتركز أدوات ومصادر المعلومات الحيوية لدى البروفيسور باجيك، على عملية التنظيم الصوتي بالرموز وتأثير الهرمونات والبحث في البيانات والنصوص في علوم الأحياء الطبية واكتشاف المعارف. وبهذه الجهود تتم عملية التكامل ودمج مواضيع المعلوماتية البيوكيميائىة وتجميع البيانات حول نشاط الجينات والبروتينات داخل الخلية المفردة واستجابتها للمواد السامة وجينومات الكيمياء ودراسة الجينات واستجابتها للأدوية ودراسة الأدوية الطبيعية ومكوناتها الفعالة.

مؤلفات مختارة

  • ​FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT). A promoter level mammalian expression atlas. Nature, 2014; 507(7493):462-70, doi: 10.1038/nature13182
  • Alam I, Antunes A, Kamau AA, Alawi WB, Kalkatawi M, Stingl U & Bajic VB. INDIGO – INtegrated Data Warehouse of MIcrobial GenOmes with Examples from the Red Sea Extremophiles. Plos One, 2013, 8(12). doi: 10.1371/journal.pone.0082210
  • Schaefer U, Schmeier S & Bajic VB. TcoF-DB: dragon database for human transcription co-factors and transcription factor interacting proteins. Nucleic Acids Research, 2011, 39(Database issue):D106-10. doi: 10.1093/nar/gkq945, http://en.wikipedia.org/wiki/TcoF-DB
  • [‡ contributed equally] Ravasi T‡, Suzuki H‡, Cannistraci CV‡, Katayama S‡, Bajic VB‡, et al (Mar 2010) An atlas of combinatorial transcriptional regulation in mouse and man, Cell, 140(5), 744-752. doi: 10.1016/j.cell.2010.01.044.
  • Suzuki H et al., The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line, Nature Genetics, 2009, 41(5):553-62. doi: 10.1038/Ng.375
  • Carninci P et al., Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution. Nature Genetics, 2006, 38:626-635, doi: 10.1038/ng1789
  • Carninci P et al., FANTOM Consortium; RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group). The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome, Science, 2005; 309:1559-1563, doi 10.1126/Science.1112014
  • Tiffin N et al., Integration of Text- and Data-Mining Using Ontologies Successfully Selects Disease Gene Candidates, Nucleic Acids Research, 2005; 33(5):1544-1552, doi: 10.1093/nar/gki296
  • Bajic VB, Tan SL, Suzuki Y & Sugano S. Promoter prediction analysis on the whole human genome, Nature Biotechnology, 2004; 22(11):1467-73, doi: 10.1038/nbt1032
  • Bajic VB et al., Dragon ERE Finder ver.2: A Tool for Accurate Detection and Analysis of Estrogen Response Elements in Vertebrate Genomes, Nucleic Acids Research, 2003; 31(13):3605-3607, doi: 10.1093/Nar/Gkg517