يشغل البروفيسور فرانكلين منصب أستاذ في مجال تحويل الأبحاث إلى تطبيقات عملية في كاوست. وقبل انضمامه إلى الجامعة، كان شريكًا مؤسسًا وعضوًا في مجلس الإدارة والرئيس التنفيذي للشؤون العلمية في شركة "تشيكرسبوت" (Checkerspot, Inc.)، وهي شركة تقنية حيوية مقرها مدينة ألاميدا بولاية كاليفورنيا، تركز على تطوير سلالات من الطحالب الدقيقة تنتج زيوتًا مخصصة من الدهون الثلاثية لاستخدامها في المواد الحيوية، وتغذية الإنسان والحيوان، ومنتجات العناية الشخصية.  

وقبل عمله في "تشيكرسبوت"، شغل منصب نائب الرئيس للاكتشاف والبيولوجيا الجزيئية في شركة "سولازايم" (Solazyme, Inc.)، ومقرها جنوب سان فرانسيسكو. وتمكن مع فريقه من تطوير منصة تخمير تعتمد على الطحالب الدقيقة، وقادرة على إنتاج زيوت مخصصة من الدهون الثلاثية على نطاق تجاري، ما مهّد لطرح أسهم الشركة للاكتتاب العام بنجاح في عام 2011. 

وفي عام 2005، شارك في تأسيس شركة "رينكون فارماسيوتيكلز" (Rincon Pharmaceuticals)، مستفيدًا من تقنية للطحالب الدقيقة كان قد شارك في تطويرها خلال عمله في معهد سكريبس للأبحاث بمدينة لا هويا في كاليفورنيا. وقبل انضمامه إلى معهد سكريبس، تولى منصب مدير البيولوجيا الجزيئية في شركة "سيانوتك" (Cyanotech, Inc.) بمدينة كونا في ولاية هاواي، حيث عمل على تطوير سموم تنتجها البكتيريا الزرقاء وتستهدف يرقات البعوض، وقاد جهود تطوير السلالات.